2009年，杭甬运河杭州段在边施工边通航、船闸未全天候运行的情况下，完成1254万吨货运量，大大超过预期。期间，新坝船闸累计运营347天，共4531小时，平均每天通过船舶181艘次，累计进闸船舶31402艘次，出闸船舶31567艘次。
        为保证试运行期间船舶通航的安全、有序，杭州市港航管理部门采取了多项措施，包括对进出新坝船闸通航秩序及船舶适航、船员适任情况进行专项整治，督促指导船闸部门做好候闸船舶秩序管理；清除擅自设置的渔网、渔簖等碍航物，排查不符合要求的过河线缆；制定通航、过闸申报、安全检查等一系列规章制度，调整站点设置，吟龙、义桥作为远程调控点，控制新坝船闸待闸船舶数量，弥补靠泊设施不足的缺陷。